Donald Morden y la Armada Rebelde

El inicio de la guerra entre el general Morden y nuestros héroes de Metal Slug se hizo hace muchos años, cuando Morden trabajaba en la Armada Regular, una organización dedicada a combatir el terrorismo y otros crímenes organizados.

En un trágico día, el hijo del general Morden murió en un atentado. El general culpó a la Armada Regular por el asesinato de su hijo y renunció a ella para crear su propio ejército, la Armada Rebelde, con el objetivo de destruir a la Armada Regular. Así, Morden reclutó soldados que tenían en común el odio hacia la Armada Regular, y uno de ellos sería Allen O'Neil, quien sería la mano derecha de Morden.

Donald Morden envió tropas a Asia del Sur, Europa Oriental, noroeste de Norteamérica y Oceanía para iniciar su golpe de estado contra la Arada Regular. Ésta a principios se encuentra en problemas para contener los ataques del ejército rebelde, pero científicos de la armada regular crean un tanque especial, el Tanque 001, o también llamado Metal Slug (el cuál le da título a esta franquicia). El general Morden se enteró de estos prototipos gracias a espías en la armada regular, por lo que realiza una operación para capturar todos los prototipos y hacerlos suyos; dicha operación fue exitosa. La armada regular nuevamente se encontraba acorralada.

En estas situaciones críticas, la armada regular contacta con dos soldados de élite llamados Marco 

Rossi y Tarma Roving. Así, la armada regular se enfrenta a la armada rebelde y poco a poco controlan los puntos donde inició el golpe de estado. En un último ataque, Morden se sube a su helicóptero de guerra y enfrenta a la armada regular, pero los héroes lo terminan derribando del helicóptero, pero no lo arrestan por lo que una vez fue para ellos.

Morden y la gente de Marte

Al final de los créditos de Metal Slug 1, el general Morden se encuentra vagando después de su derrota y le llega un avión de papel, el cual desdobla y se queda mirando al espacio. Han llegado extraterrestres a la Tierra, la gente de marte, y decidieron crear alianza con Morden para acabar con la armada regular.

Un nuevo golpe de estado es lanzado ahora a los puntos de Irán, Asia occidental; Egipto, África; Francia, Europa Oriental; China, Asia oriental; y Norteamérica. La armada regular pronto actúa ante esto y envía, además de Marco y Tarma, a dos soldados élite llamadas Eri Kasamoto y Fío Germi; pronto la armada regular había neutralizado al ejército rebelde, sólo faltaba ir por Morden; pero éste planeaba una emboscada hacia ellos, ya que aún no sabían sobre la alianza que había hecho con seres de otro mundo.

Los héroes llegan a Norteamérica y se enfrentan nuevamente a Allen O'Neil, quien es derrotado otra vez y tragado por un orca. Los héroes entran en las inmediaciones de la armada rebelde, y allí hacen aparición los marcianos, armados con pistolas de plasma. A pesar de haber sido emboscados, la armada regular logra derrotarlos y llegar al general Morden, quien los esperaba dentro de una especie de nave y tanque, proporcionado por la gente de Marte. Sin embargo, empezó la traición por parte de la gente de Marte, y una nave Dai-Manji destruyó el tanque donde iba Morden y después abdució a éste a la nave.

Alianza forzada

Una vez que la Dai-Manji abdujo a Morden, inició el plan de conquista por la gente de Marte. El verdadero plan era hacer que ambas armadas más poderosas se enfrentaran entre ellas, y una vez debilitadas, la gente de Marte los atacara y posteriormente conquiste la Tierra. La armada regular se enfrenta a la nave Dai-Manji que secuestró al general Morden mientras que al fondo se mira una guerra aérea entre la armada rebelde y las naves de los marcianos.

Después de un duro enfrentamiento, la gran nave es derribada; pareciera que había terminado lo más difícil de la guerra, pero momentos después se encuentran encima de ellos la nave nodriza: el Rugname. De repente el Dai-Manji que habían derribado se levanta de nuevo y se une al Rugname para convertirse en su arma, un arma de rayo láser que impacta en un gran área y es capaz de destruir con facilidad cualquier tanque. No hay opción, la armada regular y la armada rebelde han encontrado un enemigo en común, por lo que unen fuerzas para vencer a este enemigo. Ambos ejércitos atacan al Rugname con todo lo que tienen: armas, soldados, incluso Metal Slugs de ambos mandos y otros tipos de tanques, a excepción de vehículos aéreos, los cuales siguen atacando a las naves marcianas más pequeñas. Pero el Rugname aun podía mandar más naves pequeñas al campo de batalla, sustituyendo por unos segundos el arma láser por una apertura donde salían dichas naves a atacar a las armadas.

Después de otra dura y extensa batalla, logran dañar la nave, iniciando la retirada, no sin antes destruir la Tierra, pues si no es de la gente de Marte, no será de nadie más; entonces empieza a cargar un poderoso rayo, pero un piloto de la armada rebelde se sacrifica y hace explotar el arma láser y deja caer la Dai-Manji, mientras el Rugname empieza a escapar junto con las demás naves. La Dai-Manji empieza a bajar lentamente y estalla, y de la explosión aparece Morden siendo atado a una plataforma; por fin la guerra había terminado y los rebeldes rescataron a su líder.

Isla del Dr. Moureau

Bastó unos pocos años para que Donald Morden se recuperara e iniciara otro golpe de estado. En el golpe de estado anterior intentó crear un nuevo ejército con personas mutantes, pero se salió del control; esta vez quiere intentarlo de nuevo con las criaturas mutantes que se encuentran en la Isla del Dr. Moureau, isla que se encuentra en algún lugar del Océano Pacífico, usado anteriormente para pruebas nucleares y cuya radiación afectó a la vida silvestre de ese lugar. La armada regular va a detener lo que sea que haya planeado la armada rebelde en la isla, y al llegar se encuentran decenas de crustáceos e insectos mutantes de gran tamaño, los cuales, al ver a nuestros héroes, se lanzan al ataque; la armada regular no tiene de otra que seguir adelante eliminando cualquier criatura mutante; a medio camino se encuentran soldados rebeldes quienes también comienzan a atacarles. Habiéndoles detenido, nuestros héroes se dirigen a un extenso muelle y, apenas al dar unos pasos a éste, los sorprende un enorme cangrejo ermitaño con armamento de la armada rebelde que, para mala suerte, salió de parte de la isla, por lo que no podían atacarle desde la costa. Poco a poco el cangrejo empezaba a destruir el muelle, mientras la armada regular intentaba derribarlo antes de que se les terminara el muelle; gracias a que tenían un buen armamento a la mano y en la costa habían obtenido un Metal Slug, lograron derribar al cangrejo, que se fue hundiendo al fondo del mar.

Zombies y un meteorito misterioso

El siguiente punto de encuentro es en Rusia, Asia del Norte; donde al llegar la armada regular se encuentran tanto civiles como soldados y científicos rebeldes zombificados debido a un meteorito que cayó en el lugar. Por el camino la armada regular también era zombificada, pero mantenían la conciencia y más adelante eran curados con antídotos que tenían los científicos zombies en su ropa; también se dieron cuenta de que la presencia de civiles zombies era porque el meteorito hizo que se estrellara un avión en el lugar, y la presencia de soldados y científicos rebeldes era para hacerse con el meteorito, pero no se dieron cuenta que el material con el que estaba hecho era altamente peligroso y los convertía en zombies; así que la armada regular debía destruir este artefacto, pero de éste aparecieron extraños alienígenas que custodiaban el meteorito. Al deshacerse de ellos, del meteorito emergió un faro el cuál atacaba a la armada rebelde con grandes monumentos de piedra con un extraño escrito en ellos. Finalmente, los héroes lograron destruir aquél artefacto para lo que sea que sirviera. Sin duda, una misión que llena de dudas.

Infiltración a las nuevas instalaciones enemigas

Después de esa extraña misión, la armada regular se dirige a Sudáfrica, donde se encuentran las nuevas instalaciones de Morden y donde los soldados y científicos trabajaban en nuevos vehículos y armas, como el arma láser y un nuevo Slug con brazos y piernas. Después de acabar con ellos, la nueva creación de Morden se hace presente: el Rey Júpiter, y les hace frente; pero es en vano y es destruido.

Sol Dae Rokker

La armada regular se dirigió a un desierto localizado en alguna parte de Latinoamérica, que está infestado de amenazas para la armada, desde soldados rebeldes, plantas carnívoras, la armada japonesa aliada con la armada rebelde, momias y animales silvestres mutantes en respectivos caminos. Al parecer la armada rebelde buscaba controlar la maldición de la momia para crear un ejército, pero fracasó en el intento.

En la cima de la montaña reside un otro instrumento quizá de tecnología extraterrestre: el Sol Dae Rokker; el cual empieza a atacar a los héroes con distintas formas, algunas relacionadas con el Sol. Después de un rato, la armada consigue la victoria y destruye el misterioso artefacto, además de detener a la armada rebelde en aquel área.

*Nota curiosa: se piensa que este "jefe" está basado en el dios del Sol de la mitología japonesa, aunque, debido a las (al parecer) plumas en la cabeza del jefe y las estatuas que se ven a los lados de la plataforma hacen referencia al dios Quetzalcóatl, deidad de la cultura mesoamericana.